2004 йил август ойида Навоий шаҳрида янги масжид қурилиши бошланди ва биринчи пойдевор ғишти қўйилди. Бу бахтли, қувончли соатлар Навоий вилояти тарихида унутилмас воқеага айланган эди. Чунки Навоий шаҳрида масжид бино қилиниши Муҳтарам Юртбошимизнинг ўз ташаббуслари билан бўлиши янада қувонтирди. Масжид қурилишига йирик НКМК, Қизилқум цемент ОАЖ, Навоий Азот ОАЖ хамда барча корхона ва ташкилотлар, ёши қари барча–барча ўзларини беминнат ёрдамлари билан ҳисса қўшдилар. Ниҳоят мана шу кўркам, гўзал, намозхонларнинг барча талабларига жавоб берадиган масжид бунёд этилди. Навоий шаҳрида янги масжид бино бўлиши, улуғ бобомиз Мир Алишер Навоий номи берилиши раҳбарият томонидан маьқулланиб, “Ҳазрати Алишер Навоий” деб аталадиган бўлди. Албатта миллий қадриятларимиз ҳақида гапирганимизда биринчи бўлиб улуғ мутафаккир, шоир Алишер Навоий ҳазратлари кўз олдимизга келади. Чунки бу мўътабар зот миллатимиз шарафини кўкларга кўтарган, юртимиз довруғини бутун оламга тараннум этган фасоҳат олами вакилидир. Бизлар ана шундай улуғ инсон номи билан аталган шаҳарда, вилоятда яшаганимиз билан фахрлансак арзийди. Масжиднинг очилиш маросими 2006 йил 24 март куни ўтказилди.
Шу йили 18 май куни Муҳтарам Юртбошимиз Ислом Каримов масжидимизга ташриф буюрдилар. Масжид биноси икки қаватли бўлиб, худди шу улчамда ер ости биноси ҳам мавжуд. Бир вақт намозда 2000 (икки минг) кишини сиғдира олади. Масжиднинг баландлиги 31 метрни ташкил этади. Бинонинг ичи (20 метр) ва ташқи ҳудуди билан 30 метр бўлиб, ташқи кўринишидаги айвон 5 метрни ташкил қилади. Иккинчи қават ҳам ички томондан балконлик бўлиб унинг ҳам энига узунлиги 5 метрни ташкил этади. Масжид худудида фаввора, ҳавуз мавжуд бўлиб масжидни кўркига кўрк қўшиб турибди. Замонавий таҳоратхона ва намозхонлар учун барча қулайликлар яратиб берилган. Ундан ташқари масжид ҳудудида Ўзбекистон мусулмонлари идорасининг Навоий вилояти вакиллиги биноси ҳам жойлашган. Масжиднинг умумий майдони 1.26 га ни ташкил қилади. Масжид атрофи гулзор ва боғ қилинган.